Il entend l’appel lancé le 18 juin 1940 par le général de Gaulle. Il le rencontre le lendemain et ressort de son entretien impressionné par sa confiance et son optimisme.
Il abandonne l’Agence Havas qui rejoint Paris et, en même temps qu’il jette, à la demande du général de Gaulle, les bases de l’Agence Française Indépendante, il intègre le service français de la BBC où il signe, le 8 juillet 1940, sa première chronique : « Après Mers-el-Kebir ».
Il fait partie avec Jean Oberlé, Jean Marin, Pierre Lefebvre, Jacques Borel et Maurice Van Moppes de l’équipe dirigée par Jacques Duchesne qui crée bientôt ce qui deviendra à partir du 6 septembre 1940, l’émission mythique de la chaîne : Les Français parlent aux Français.
C’est donc sous le pseudonyme de Pierre Bourdan qu’il prend en charge le Commentaire des nouvelles et participe à la Discussion des Trois Amis avec Jacques Duchesne et Jean Oberlé.
Son épouse interviendra également sur les ondes de la BBC à partir du 1er décembre 1940, mais moins fréquemment, sur des sujets touchants à la condition féminine, à l’éducation des enfants et au social. (Le fisc anglais d’ailleurs confirmera leur double participation à l’émission en leur adressant en juin 1948 ce rappel qui ne manque pas de piquant.)
Très vite, sa voix, sa franchise et la logique indiscutable d’un raisonnement qui le porte à l’optimisme en font l’un des participants les plus écoutés et les plus influents de la radio. L’émission est retransmise en direct chaque soir. Le reste du temps et parallèlement, il développe l’Agence Française Indépendante, recrutant des correspondants à travers le monde entier.
Alors que les nouvelles ne sont pas bonnes pour lui, De Gaulle n’est pas content de l’AFI , le Général Revers a mis en quelque sorte sa tête à prix , l’Amiral Darlan veut le mettre à la raison, il se rend en Algérie fin 1942 avec un double objectif : préparer un rapprochement de l’AFI avec l’Agence France Afrique d’une part et étudier sur place les relations complexes entre pétainistes, giraudistes, gaullistes et royalistes d’autre part. Il a rendez-vous avec l’Amiral Darlan à l’heure même où celui-ci est exécuté par Fernand Bonier de la Chapelle à Alger.
Il écrit aussi et publie en 1943, directement en anglais, France qui décrit l’état de notre pays à l’ouverture de la guerre, (certains évoquent à cet égard Joseph Conrad). Début 1944 il publie une étude sur l’Angleterre : The English way qu’il traduira en français sous le titre Perplexité et grandeur de l’Angleterre.
Après le Débarquement allié, et comme il a toujours privilégié l’action, (il a d’ailleurs fait sienne la devise de son poète préféré, P.B. Shelley : «The soul’s joy lies in doing») , il rejoint, comme correspondant de guerre, la 2ème D.B du Général Leclerc qui débarque en France le 1er août 1944.
Il est arrêté peu après par les allemands à proximité de Rennes avec deux de ses camarades, attachés pour leur part à l’armée américaine, après une imprudence extrême : ils ont quitté leur colonne pour tenter d’être les premiers à entrer dans Rennes, précédant les troupes américaines qui en sont toutes proches, mais qui finalement et contre toute attente diffèreront l’assaut. Les allemands en profiteront pour tenter de quitter la ville par train emmenant avec eux 1200 résistants prisonniers.
Par chance, personne n’identifiera Pierre Bourdan et ses compagnons. Ils sont enfermés dans un wagon de ce dernier train qui quitte Rennes pour l’Allemagne et les camps, le 3 août. Grâce à la complicité de résistants locaux qui l’ont reconnu et lui ont procuré le matériel nécessaire il parvient, ainsi que ses deux camarades, à s’évader dans la nuit du 5 au 6 août en sautant du train en marche près de Saint-Martin de la Place. Il restera quelques jours caché dans une famille d’agriculteurs de Longué dans le Maine et Loire. (Il conservera des liens très étroits avec cette famille: en mai 1945, il sera présent, avec son épouse, au baptême de leur fille Anita dont il est, à la demande des parents, le parrain. Ils y reviennent en août 1946 pour le baptême d’Annick, la soeur d’Anita, dont la femme de Pierre Bourdan, Jeanne, est la marraine).
Douze jours plus tard à Argentan, il retrouve la 2ème D.B, accueilli par un général Leclerc que le déroulement favorable des opérations a heureusement mis de bonne humeur, il participe à la libération de Paris le 25 août. Il quittera la 2ème DB du 30 octobre à fin décembre et sera absent le 23 novembre pour la libération de Strasbourg. Il fera le récit de son périple avec Leclerc dans Carnet de retour en même temps qu’il retracera son séjour à la BBC dans Carnet des jours d’attente.
Sous la pression de ses amis et notamment de François Mitterrand qu’il a connu à Londres en 1943, il décide alors de se lancer en politique en Creuse sur la liste UDSR.